1、化肥中不含有机质、腐殖质，因此大宗使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破损，造成土壤板结，农植物产量下降。
2、化肥使用率低，氮肥由于易挥发、流失，使用率只有30%-50%，磷肥的使用率才10%-25%，由于磷酸根化学活性生动，施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子团结形成难溶性磷肥。钾的使用率也只有50%左右。
3、化肥大宗使用使蔬菜瓜果品质大大下降。由于作物不但仅需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一样平常因素较量简单，以是恒久使用化肥一定导致土壤中所含养分趋于简单，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，一定导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。
4、危害人体康健。大宗施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质团结形成N-亚硝酸基化合物为强致癌物质。
5、化肥的大宗使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大宗殒命。
6、化肥的恒久低效施用，往往造成土壤中某些元素的太过积累和土壤理化性子的转变及情形的污染。
7、从中国大宗使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。
生物菌肥料的优点：
1、改良土壤
(1)通过有益菌的大宗滋生，大宗有益菌在植物的根系周围形成了优势种群，抑制了其他有害菌的生运气动。
(2)快速剖析土壤有机物质，增进土壤团粒的形成，且通过有益菌的运动能够松散土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透气性都获得很好的调理。
(3)剖析土壤中的农药残留，阻止残留农药对下季作物爆发药害�；苟灾参锷だ掏ü蹬欧诺挠泻ξ镏示傩衅饰�。
2、固氮、解磷、解钾功效
能够部分使用空气中的氮，通过有益菌生长代谢爆发响应的酶和酸，可对土壤中难溶性的磷、钾肥(土壤中难溶性磷肥占95%，难溶性钾占98%)举行剖析，从而成为植物所能吸收的磷钾肥。因此能够大大提高作物对肥料的使用率，从而镌汰肥料的施用。＇
3、提高作物品质。
解磷、解钾的同时，能够促使土壤中微量元素的释放，被作物所使用，同时有益菌代谢爆发多莳植物所需的物质，如小分子氨基酸、生长刺激物质、维生素等。
4、抵达生物防治病害的效果，灌根可抑制土壤中的病菌，喷到叶面，可避免病害的入侵。
5、增进作物早熟和延伸采收期。由于土壤理化性子获得改善，土壤养分富厚且平衡，土壤中肥料能够更好的被作物很好的吸收，因此能够增进作物早熟和延伸采收期。
6、和有机肥配合使用，能够一连一直的改良土壤，2-3年就可使土壤完全抵达生产有机作物的标准，且由于有益菌能够快速剖析有机物质为作物吸收，以是战胜了有机肥料肥效慢的特点，单施有机肥产量低的特点。
7、生物菌肥不像化肥那样，一次性将过量的可溶性营养元素带入土壤，生物菌肥可阻止情形污染，且有益菌一直的在植物根系周围一直的滋生代谢，一连地、非过量的向作物提供营养。