随着人们生涯水平的一直提高，食物清静问题愈发受到重视，微生物对食物的污染问题也随之备受关注 。微生物包括细菌、真菌等，有些微生物照旧致病菌，对人体的危害很大，因此食物中微生物的检测很是主要 。
微生物判断手艺在磨练检疫，食物、化妆品等产品致病菌的检测，动物源性致病菌的检测，植物病原细菌、真菌的检测等事情中起到很是要害的作用 。
速率快取代耗时长
现在，微生物判断手艺的生长偏向有两个：速率快和分型能力强 。速率快的微生物判断手艺主要以航行时间质谱判断手艺为典范代表，可以在数十秒内实现微生物的判断 ；分型能力强的判断手艺主要包括种种基于DNA的判断手艺 。
微生物判断手艺主要有形态学视察、全自动微生物生化判断系统和依据细胞物质举行微生物判断手艺等要领 。
微生物的形态学视察，主要依据微生物的形态和心理生化反应等特征来举行微生物的分类和判断 。用微生物的形态特征来判断微生物是由于微生物的形态较量简单，容易区分 ；用微生物的心理生化反应特征来判断微生物主要是依据微生物细胞壁的组成、微生物发酵产品和微生物对碳源、氮源等养分的使用 。
可是，这种要领相对较量啰嗦、耗时，因此近年来被全自动微生物生化判断系统逐步替换 。
全自动微生物生化判断系统现实上是将多个生化反应有用整合、浓缩于商业化的板卡上，利便实验室举行微生物的判断 。该系统具有以下优点：第一，生化反应数目多，商业化的卡板最多可荟萃45~46种生化反应 ；第二，实验操作标准化，节约大宗人工 ；第三，判断速率快，一样平常3~4小时即可出判断效果 。
基于以上优点，现在，全自动微生物生化判断系统已经作为实验室中微生物的一样平常判断手段 。除此之外，全自动微生物生化判断系统还具有细菌的MIC值测定和耐药表型的检测等作用 。
依据细胞物质举行微生物判断手艺主要包括卵白质的检测和DNA的检测，是现在微生物判断手艺的两个生长偏向 。依据卵白质检测的判断手艺，具有判断速率快的特点，主要检测仪器有航行时间质谱 � ；贒NA检测的判断手艺，对微生物的分型能力很强，该检测手艺主要有16S rDNA（核糖体DNA）测序手艺、PFGE（脉冲场凝胶电泳，一种疏散大分子DNA的要领）和全基因组测序手艺等 。
在卵白质检测方面，使用航行时间质谱举行微生物判断的原理是通过质谱获得微生物特征卵白质分子的“指纹图谱”，然后与大容量的数据库举行比照，最终实现菌落或者菌株水平上的判断 。质谱判断系统的优势主要体现在判断速率快，仅需十余秒即可完成 。
在DNA检测手艺方面，16S rDNA基因是细菌核糖体DNA的一部分，被称为细菌的“活化石”，该基因进化速率十分缓慢，具有生物钟的特点，已经作为细菌系统发育的目的基因，16S rDNA序列测定是科研领域细菌分类和判断的金标准 。
凭证现真相形选择合适的判断要领
现在，常见的商业化测序系统有针对细菌16S rDNA中的500bp守旧序枚举行测序、针对真菌的28S rDNA的D2基因区域举行测序等 。该要领获得的数据有利于致病菌的溯源剖析，可是操作历程具有一定的重漂后，耗时较长 。另外，基因测序仪和测序耗材试剂的价钱较贵，因此倒运于在应用层面举行推广 。
脉冲场凝胶电泳（PFGE）是一种疏散大分子DNA的要领 。此种要领的原理是将细菌包埋于琼脂块中，用适当的内切酶在原位对整个细胞染色体举行酶切，酶切片断在特定的电泳系统中通过电场偏向的一直交替变换和适合的脉冲时间等条件作用而获得优异疏散的要领 。
PFGE的分型能力极强，可区分菌株水平的差别，现在被全天下各个国家普遍使用 。通过PFGE分型可以对细菌性熏染病、食源性致病菌举行监测，同时可以举行分子盛行病学的视察，可是操作较为啰嗦，需要较高的实验手艺方可掌握 。
全基因组测序手艺可以对菌株举行最为有用的分型，纵然是16S差别不大的菌株，也可以通过漫衍在整个基因组上的单核苷酸多态性位点举行区分，是现在分型能力最为强盛的手艺之一 。但全基因组测序用于微生物判断事情的主要障碍在于使用本钱高和专业的数据剖析 。
关于磨练检疫事情来说，需要凭证现真相形选择合适的微生物判断要领 。同时，为了更快速、更准确地确认病原微生物，可能需要几种判断要领团结使用，例如可以先使用质谱判断速率快的优势迅速判断致病菌，然后再使用分子生物学的手段举行分型和盛行病学的视察 。