差别于第一代粮食油料作物生爆发物质燃料，引发同农业争田争水等矛盾，第二代生物质燃料手艺主要使用农业放弃物、林业残留物或放弃有机物，生产切合标准需求的生物质燃料。凭证欧盟情形署（EEA）的统计，欧盟每年产出约15-20亿吨的农业秸秆放弃物，若是充分使用，足够知足欧盟2020能源战略40%的生物乙醇需求。欧盟第七研发框架妄想（FP7）提供910万欧元资助，总研发投入1600万欧元，由欧盟5个成员国及联系国丹麦（总协调）、荷兰、挪威、德国和葡萄牙，主要能源企业和科技界组成的欧洲KACELLE研发团队。从2009年8月最先，致力于农业秸秆放弃物第二代生物质燃料手艺的工厂化中试树模项目设计开发。
阻止现在，由丹麦能源公司DONG Energy牵头认真，设立于丹麦凯隆堡（Kalundborg）的第二代生物质燃料中试树模炼制厂，已投入试运营。每小时可转化4吨放弃秸秆，每年可消耗3万吨农业秸秆放弃物，年产540万升生物乙醇和其它产量不等的木质素颗粒（Lignin Pellets）及C5糖蜜（Molasses）。工厂化生产尽可能接纳�？榛杓�，可凭证用户要求举行拼接，以顺应差别区域差别情形差别产量的现实需求。
农业秸秆生物质主要由纤维素、木质素和半纤维素三部分组成，纤维素是地球上最富厚的可再生碳源，木质素次之，都是天生植物细胞壁的主要因素。研发团队研制开发的第二代生物质燃料Inbicon专利手艺，主要接纳酶化水解法，即使用酶流体化生物质，以顺应工业化流体泵生产工艺的基本流程，最大化生物质转化为糖分再转化为所需生物乙醇的性价比，最小化生产工艺本钱。秸秆首先被加压加热水解，破损木质素结构加速微生物酶化发酵，促使生物质剖析为更简化的糖碳水化合物。再举行140小时的酶化发酵，将糖碳水化合物转化为生物乙醇和二氧化碳（CO2），捕获CO2净化冷却处置惩罚，用于碳酸饮料或新鲜食物�；�。