5月中旬 ，一场突如其来的疫情袭击德国。5月22日 ，德国首次通告天下卫生组织 ，本国熏染肠出血性大肠杆菌的患者人数激增；5月25日 ，来自德国汉堡-埃普多夫大学医学中心临床部的装有纯化病菌DNA的小试管被运抵中国深圳华大基因研究院；6月2日 ，华大基因研究院和汉堡-埃普多夫大学医学中心团结宣布 ，对病菌全基因组序列的剖析显示 ，导致近期德国肠道病熏染疫情的病菌是一种兼具侵袭、产毒和肠出血等特征的新致病性大肠杆菌。
这是一场人类与病菌的新战斗。新出书的美国《科学》杂志揭晓文章 ，报道了全球科学家携手迎接新挑战�；蠡蜓芯吭毫判虏【娜蜃槭� ，供研究职员使用；研究职员通过维基、博客等现代通讯工具在线撒播最新的研究效果 ，汉堡-埃普多夫大学医学院微生物学家霍尔格·罗德说：“研究希望云云之快令我受惊 ，给我留下了深刻印象。”
6月10日 ，德国国家疾病控制中心罗伯特·科赫研究所所长赖因哈德·布格尔宣布 ，确认芽菜等芽苗菜是造成5月德国北部致命性肠出血性大肠杆菌疫情的源头。德国政府同时体现 ，生吃黄瓜、西红柿和生菜是清静的。
确定新病菌基因组序列
5月中旬 ，当肠出血性大肠杆菌患者人数最先增添时 ，德国汉堡-埃普多夫大学医学院的临床部受到严肃磨练 ，医学院的微生物专家们被患者们需要磨练的样品所困绕。《科学》杂志报道 ，一位来自中国、在丹麦做博士后的研究职员提议与中国深圳华大基因研究院相助 ，测出这种致命病菌的基因组序列 ，这位中国研究员曾通过一个交流项目在汉堡-埃普多夫大学医学中心事情过。
5月25日 ，汉堡-埃普多夫大学医学中心临床部将装有纯化病菌DNA的小试管送往华大基因研究院；5月27日 ，小试管抵达华大基因研究院 ，测序事情随即最先。
6月2日 ，中国科学家宣布测出这种病菌的所有520万个碱基对基因组序列 ，并使研究职员可连忙下载这个DNA序列。来自天下各地的科学家仔细阅读这些数据 ，将这些基因序列片断装配成连贯基因组；再将这个基因组与大肠杆菌和其他细菌的参照基因组举行比照。统一天 ，德国明斯特大学和生命手艺公司的相助团队宣布 ，测出来自一位患者的病菌基因组序列。生命手艺公司是高级DNA测序仪的制造商。
6月3日 ，这两条新闻传到正在英国召开的应用生物信息和公共康健微生物学聚会上 ，与会科学家连忙最先剖析华大基因研究院提供的病菌基因组序列。西班牙一家生物信息公司很快对新大肠杆菌的基因组序枚举行自动剖析 ，该公司研究员玛丽娜·曼瑞奎在自己的博客中写道：“在不到24小时的时间里 ，我们获得了数据、装配序列 ，并对序枚举行解读。这是一个很好的研究规范。”
《科学》的文章指出 ，剖析中泛起出的画面令人震惊。德国新病菌的DNA序列显示这个细菌不是典范的大肠杆菌菌属。新病菌与大肠杆菌55989的基因组同源性凌驾93%的 ，大肠杆菌55989是2002年从中非共和国一位罹患慢性腹泻、艾滋病病毒检测呈阳性的患者体内疏散出来的。德国国家大肠杆菌参考实验室主任洛萨·伯坦说 ，出血性大肠杆菌属是肠集聚型大肠埃希菌菌属的一类 ，这种大肠埃希菌能在生物体内形成生物薄膜 ，更顺应于出血性大肠杆菌在人体肠道内的群集；然而 ，出血性大肠杆菌通常不会携带志贺毒素的基因 ，“这种新病菌看起来像是获得了志贺毒素基因的一种典范出血性大肠杆菌”。
志贺氏菌属是一类革兰氏阴杆菌 ，是人类细菌性痢疾中最为常见的病原菌 ，也称痢疾杆菌。只管大肠杆菌是人体肠道菌群的自然组成部分 ，并且通常不会致病 ，但某种菌株和大肠杆菌团结在一起时则会爆发危险的志贺毒素 ，志贺毒素进入肠道内膜细胞并阻止卵白质的合成。细胞的破损导致腹部绞痛甚至是出血性腹泻。在某些病例中 ，志贺毒素会攻击肝脏 ，诱发潜在致命性溶血性尿毒症。
阻止6月7日 ，德国2300多人熏染疾病 ，其中600人泛起溶血性尿毒症 ，至少23人殒命；6月11日 ，天下卫生组织报告 ，德国共计3147人熏染肠出血性大肠杆菌 ，其中773人泛起溶血性尿毒症症状 ，这类患者容易泛起肾衰竭甚至殒命。
致病菌在演变
在疾病盛行早期 ，科学家们曾推测这种致病菌是通过粪肥撒播给蔬菜的 ，现在 ，病菌新基因特征的发明提出了新的诠释。
研究职员以为 ，至少应该在10多年前 ，其中一种大肠杆菌就获得了志贺毒素的基因。德国国家溶血性尿毒症咨询实验室在疾病暴发的早期宣布 ，基于对少数基因的聚合酶链反应剖析 ，新病菌与2001年从一位德国溶血性尿毒症患者体内疏散出的病菌相匹。他们已经测出2001年病菌的基因组序列 ，并将之与现在疏散出的病菌相较量。最初的数据显示 ，2001年病菌与新病菌的靠近水平凌驾来自非洲的病菌。虽然从非洲患者体内疏散出的病菌是一种典范的出血性大肠杆菌 ，但2001年的德国病菌已经获得了志贺毒素的基因。并且 ，现在的新病菌在宿主体内形成了对通俗抗生素的新抗性 ，这些病菌正在演变。
部分科学家指出 ，现在发明了一种具备肠群集性和肠出血性的新型致病性大肠杆菌 ，需要给这种新病菌一个名称。可是 ，早在1998年 ，由德国、法国和意大利研究职员组成的小组在一篇配合揭晓的论文中已经形貌了一种类似德国新病菌的病菌 ，一种可爆发志贺毒素的肠群集性大肠杆菌 ，这个研究小组的研究职员推测 ，现在的德国病菌可能不是有数事例 ，由于新病菌并不是多种致病菌的组合 ，而是早已泛起的致病菌。
新病菌融合了血性大肠杆菌骨架和志贺毒素 ，也许这可以诠释这次德国盛行病暴发的特征：大宗的溶血性尿毒症患者、许多年轻人和康健成年人患病。
另外一个问题是 ，为什么女性更容易熏染？在疾病暴发早期 ，一项在德国汉堡举行的盛行病学视察发明 ，与未熏染的女性相比 ，已经熏染的女性可能在生病前一天吃了更多的生黄瓜、番茄和生菜。当德国政府将病菌泉源指向西班牙黄瓜 ，但从西班牙黄瓜中疏散出的大肠杆菌病菌与从患者体内疏散出的病菌并不匹配时 ，运送到各个餐馆的生芽苗菜则成为了嫌疑工具。
1892年 ，当霍乱肆虐德国口岸都会汉堡 ，造成数千人殒命时 ，著名熏染病学家罗伯特·科赫查明受污染的饮用水是这次熏染之源 ，但他却无法疏散出病菌元凶。近120年后的今天 ，科学家们可以快速疏散并判别出新病菌的基因组细节 ，但人类仍然面临逆境。
罗德体现 ，这次德国疫情的教训是 ，人类对病菌基因的顺应性熟悉缺乏 ，不知道它们是怎样演变的。研究职员忠言 ，现在还很难判断这次德国疫情的暴发事实是一次无意事务 ，照旧会继续爆发。